以往對棲息地物理環境的調查，多取等距離之溪段(如每100m )，作為在整體溪流採樣時的標準區域，其基本假設包括： 自上游至下游， 溪流內物理環境應呈循環式的排列(急流─水潭─緩流)；在此採樣距離內，溪流各類型物理環境的排列，至少出現一次循環。 若是溪流環境排序情況與假設不符， 資訊分析上就容易出現誤導。有鑑於本省溪流環境高度的歧異性與鑲嵌模式 (mosaic pattern) ，同時考量水生生物對棲息地物理因子的基本需求，運用區集後再逢機取樣(stratified random sampling)的方式似有其必要性。亦即在溯溪調查時，先將均質性(homoge- neous)較高的溪段區分出來 ， 例如一段急流 、 一個水潭、 或是一個瀑布型臺階(riffle, pool, or cascade)，我們稱此類均 質的棲息環境為棲地型態(mesohabitat) ， 由於各類棲地型態在溪流中出現的長度不盡相同，可依其個別資料經過加權(weig-hted)處理，來顯現選定溪段整體的特徵。
棲地型態的調查，是由選定溪段的最上游開始，順流而下，藉伸縮皮尺測量距離，先將均質性較高的溪段區別開來 ，各別描述其特徵，加以定名為急流、 水潭、或是瀑布型臺階，登記於防水 記錄簿中，同時在其邊界上作標記(包括各溪段名及其序號，如：C14、C15)。為瞭解不同棲地型態內的微棲地(microhabitat)狀況，可依Bovee等(1982，1986)Instream Flow Incremental Methodology (IFIM)的方法判定，依樣區內穿越線的總數量(例如一個水潭可能有三條穿越線)，隨機選定一條穿越線，測量微棲地因子。 穿越線與水流垂直設置，除溪寬(林等 1988) 外 ， 於其上測溪水深度、流速、估計溪流內遮蔽物指數 (Index of instream cover；Bovee et al., 1982)、最顯著的底質石種類 、 與細砂包埋之狀況 ( Embededness ； Platts et al., 1983)。各溪段之下游地段 ，可置放高低溫度計，以瞭解該區水溫變化的幅度。
溪水深度與流速的測量點一般是依溪流寬度而決定其密度，在量取各測量點的水深後，再利用流速器（如Swoffer 2100型），於水面下十分之六水深的位置，測量平均水流速 。 溪流內遮蔽物指數可依遮蔽效果區分等級，如將毫無遮蔽設定為1；僅視覺屏障為2；僅緩流作用為3；同時提供視覺屏障與緩流作用則為等級4。另可依細砂填塞於河床之嚴重程度，命名不同等級。至於底質石的分級建議參照 Platts et al.(1983)系統再加以修正成公制單位，來認定其最顯著的底質石組成(Tsao 1988)。
